Le marais constitue une entité écologique et paysagère de haute valeur.
La menace principale qui pèsent globalement sur les zones humides est l'assèchement. Longtemps considérée comme des zones improductives donc inutiles, voire dangereuses, les zones humides ont subi d'importantes dégradations par le drainage, une pratique qui consiste à creuser des fossés (drains) pour évacuer l'eau des zones les plus humides vers l'extérieur des marais. L'assèchement des zones humides permettait par exemple d'y faire du maraîchage ou de la populiculture (exploitation de peupliers). En abaissant les niveaux d'eau, le drainage entraîne une disparition de certains habitats et des espèces de faune qui y sont associées, qui ont besoin d'eau ou d'humidité pour accomplir leurs cycles. De plus, en modifiant la circulation naturelle de l'eau dans une zone humide, c'est toute la circulation de l'eau sur le bassin versant qui est modifiée. Les zones humides jouent effectivement un rôle crucial dans l'expansion des crues des cours d'eau ainsi que dans l'infiltration des eaux de ruissellement.
L'objectif dans un site Natura 2000 n'est pas d'interdire les activités mais de les encadrer, de sorte que la zone humide puisse remplir pleinement ses fonctions.
La seconde menace qui pèse sur les espaces naturels est l'embroussaillement. Les espaces naturels sont en réalité semi-naturels : à part les forêts primaires qui subsistent encore en Europe de l'est, les milieux dits naturels en Europe ont été façonnés par l'Homme pendant des siècles. Coupe de bois de chauffe, entretien des parcelles pour le pâturage, extraction de la tourbe, fauche des roseaux pour les toits de chaume, toutes ces activités ont ainsi contribué à l'existence et au maintien des espaces naturels. Avec la disparition progressive des pratiques traditionnelles et l'abandon de l'agriculture extensive au profit de cultures plus rentables, les marais se sont vus abandonnés. Les zones qui étaient maintenues ouvertes se sont alors progressivement embroussaillées, c'est-à-dire qu'elles ont été colonisées par la végétation arbustive et à terme par la forêt.
La démarche dans un site Natura 2000 est ainsi de mettre en place des actions pour lutter contre cet embroussaillement naturel et restaurer des espaces semi-naturels, où peut s'exprimer pleinement la biodiversité.
Ces actions prennent différentes formes et sont détaillées dans l'onglet Des outils pour le territoire.