La signature de la charte Natura 2000 est un engagement non-rémunéré de la part d'un propriétaire ou d'une collectivité. Elle implique le respect de certains engagements, choisis par le signature, pour une durée de 5 à 10 ans. Ces engagements sont de l'ordre des bonnes pratiques et ne génèrent pas de surcoût pour le propriétaire, d'où leur non-rémunération.
La seule contrepartie est l'exonération de la taxe foncière sur les terrains non bâtis.