L'opérateur d'un site Natura 2000 est celui qui rédige le DOCOB, le document cadre.
L'animateur d'un site Natura 2000 a pour mission d'animer et de coordonner différentes actions relatives à la préservation, la gestion et la valorisation du patrimoine naturel telles que définies dans le DOCOB. Il est chargé des différentes dimensions des projets conduits : planification pluriannuelle du projet global, animation de la réflexion et de la concertation avec les acteurs concernés, mise en oeuvre et évaluation du DOCOB... L'animateur d'un site Natura 2000 peut être salarié d'une collectivité (commune, EPCI...), d'un établissement public (ONF...), d'un bureau d'études ou encore d'une association.
L'animateur est le référent pour tous les acteurs du site, qu'il réunit lors des COPIL. Selon les besoins, des groupes de travail thématiques peuvent également être formés.